PVM atmetimas, skaičiuojant atlyginimo procentus

Sveiki, iškilo toks klausimėlis. Kad būtų aiškiau, pateiksiu pvz.:
įmonė, dirbanti, kaip centrinio ofiso filialas užsiima pardavimais. Centrinis ofisas importuoja produkciją iš užsienio ir importuodamas sumoka PVM. Taigi filialas įsigydamas prekes iš centrinio ofiso moka prekės kainą jau su PVM, na sakykim 2000lt/vnt. Tarkim, kad produkto realizacijos kaina yra 3000Lt/vnt, o pardavaimų vadybininkai dirba pagal verslo liudijimus ir nuo pardavimo turi gauti, tarkim 10%. Filialas atlyginimą skaičiuoja taip:
2000- 18%= 1640Lt
1640* 10%= 164Lt

Taigi atlyginimas nuo pardavimo išeina 164Lt. Ar teisinga būtų taip skaičiuoti atlyginimą? Ar nesigauna PVM dvigubinimas, siekiant sumažinti algos išmokėjimą? Nes juk galutinis vartotojas, taip pat moka prekės kainą su PVM. Tai taip išeina, kad jis ir sumoka tą PVM, kurį įmonė išleido įsigydama prekes. Ar aš klystu? Gal galėtumėt apšviesti šiuo klausimu, ar bent jau mestelti nuorodą, kur apie tai galėčiau pasiskaityti?

Dėkui.

Mano galva PVM ir atlyginimai - du visai skirtingi dalykai. O atlyginimo priemokos skaiciavimas - tai administracijos ir vadybininku susitarimo reikalas (t.y nuo apyvartos su PVM ar nuo apyvartos be PVM) :)

Aš suprantu, kad tai skirtingi dalykai ir kad susitarimo reikalas. Man įdomus tik vienas punktas:
Jei įmonė įsigijo prekę su PVM už 2000Lt, o pardavė už 3000Lt, tai jai jau jokio PVM nebereikia mokėt, nes sumoka galutinis vartotojas. Tiesa?

Na, ne visai. Imu paprastesnius skaičius:
Įsigijo prekę už 59 Lt, tame tarpe PVM 9 Lt
Pardavė už 118 Lt, tame tarpe PVM 18 Lt.
Valstybei reikės sumokėti 9 Lt PVM (18 Lt - 9Lt).

Bet tuos 18lt PVM juk sumoka galutinis paslaugos/prekės gavėjas, ar ne?

Kitaip sakant, viskas skaičiuojama normaliai, kas liečia algas, supratau. Bet vat kodėl įmonės pelną be PVM skaičiuojat, tai nesuprantu.. Juk kaip tik : pardavimo kaina su PVM- įsigyjimo kaina su PVM- algos, kiti mokesčiai= pelnas.